Compensarea din TVA de rambursat se face doar dacă solicitate la rambursare acest TVA. Prima data se depune D300 și D394 cu opțiune de rambursare. După care, compensarea se poate efectua pe baza de cerere sau din oficiu. Ori se trimite pe SPV o cerere de compensare contribuții salariale cu TVA-ul de rambursare. Sau se face din oficiu de ANAF. Cand analizează cererea de rambursare dacă exista obligații pe fișa de rol, compenseaza acele obligații și doar diferenta o da la restituire.
În funcție de gradul de risc, TVA se ramburseaza cu inspecție fiscală ulterioară.